（一）办公室
负责机关日常运转工作，承担文电、会务、机要、保密、档案、信访等工作;承担政务督查、政务信息、政务公开、宣传、外事等工作。负责研究综合交通运输发展重大问题，承担综合交通运输体制改革有关工作；承担综合性报告、重要文件起草等工作；负责组织综合性调研活动。
负责人：白树伟
联系电话：0374-2959600
（二）法规科(政务服务科)
组织拟订全市交通运输地方性法规、规章草案，推进行业依法行政；承担机关有关规范性文件的合法性审查和清理工作;承担行政复议和行政应诉工作;指导行业信用管理工作。统筹协调和监督指导全市交通运输业综合行政执法工作。参与实施交通管制。负责交通运输行政审批工作，贯彻执行行政审批制度改革方针、政策和决定，研究制定部门行政审批、政务服务工作的管理制度和办法，建立和完善相应工作机制。
负责人：张宁
联系电话：0374-2959692
（三）规划科
会同有关部门组织拟订全市综合交通运输体系发展政策、组织编制综合交通运输规划，负责编制公路、水路等规划，承担有关协调工作;组织拟订相关行业发展规划,参与拟订全市物流业发展规划;承担有关规划和建设项目的审核工作;负责提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向,省、市财政性资金安排建议并监督实施。按规定权限审批、核准省、市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目;承担公路、水运工程建设项目设计审批；承担有关环境保护、利用外资、统计工作，监测分析交通运输运行情况并发布有关信息。
负责人：陈建伟
联系电话：0374-2953939
（四）财务科
拟订全市公路、水路行业有关投融资政策；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担直属单位财务和资产监管以及机关、直属单位内部审计工作;负责公路、水路重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作；负责机关财务和国有资产管理工作。
负责人：王亚可
联系电话：0374-2959628
（五）人事科
承担机关和下属单位的干部人事、机构编制、劳动保护等工作,指导全市交通运输行业人才队伍建设工作,负责全市交通运输行业教育管理工作,承担有关智力引进工作。
负责人：胡澎江
联系电话：0374-2959693
（六）建设管理科
承担全市公路、水路建设市场监管责任,拟订公路、水路建设及维护的相关规定、制度并监督实施,承担全市重点公路、水路等工程施工许可、监督管理、竣工验收工作,指导全市公路、水路建设、管理和维护工作;拟订全市公路、水路行业科技、信息化规定并监督实施,指导行业网络安全工作，组织协调有关重大科技项目研究,承担有关标准、质量和计量工作,指导行业生态文明和节能减排工作。
负责人：王化民
联系电话：0374-2959621
（七）运输管理科
负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合运输体系的相关协调工作；承担全市道路、水路运输管理工作，拟订有关规定并监督实施;负责全市船舶检验工作；指导全市有关道路、水路运输安全生产监督管理工作；指导交通运输枢纽管理工作；指导公共汽车、轨道交通运营，出租汽车和汽车租赁等工作；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路、水路物流市场有关管理工作。
负责人：李奎民
联系电话：0374-2955089
（八）安全监督科(应急办公室)。
组织拟订全市公路、水路安全生产规定和应急预案并监督实施,指导有关安全生产和应急管理机制建设,承担有关道路、水路运输企业安全生产监督工作,依法组织或参与有关事故调查处理工作,负责组织相关抢险救援工作,组织协调省重点物资运输和紧急客货运输,负责安全信息统计、分析、报送等工作。
负责人：林海龙
联系电话：0374-2959623
（九）机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
负责人：彭海龙
联系电话：0374-2959626